編集 †
自分でもあまりよくわかってないのでとりあえず素材に分解する方法。
AVIに入らないコーデックの場合はDirectShowで読み込んで変換するのもあり。
MKVファイルの分解 †
MKVtoolnixのmkvextract.exeを使用して合成したmkvを分解することが出来ます。
mkvextract.exeの対応状況により分解できないものもあります。
MKVextractGUI †
mkvextract.exeのGUIフロントエンド。
MKVtoolnixにはGUIは含まれていないので別途ダウンロードしてください。
cuesheetの分離はGUIではサポートされていないのでコマンドラインのみになります。
VFR MKVの分解 †
Haaliのページにmkv2vfrが置いてあります。
mkvをAVI+Timecodeに分解。
当然ですがAVIに入るコーデックじゃないとだめです。